연합회의 최종의사결정기관은 총회입니다.

연합회의 총회는 회장과 회원으로 구성되며, 회원 협동조합이 200개 이상인 연합회는 대의원총회를 두어 총회를 갈음할 수 있습니다.

연합회의 임원은 이사와 감사로 구성됩니다.
임원은 총회에서 회원 협동조합에 속한 조합원 중에서 선출합니다.

그 밖에 기관 운영에 관한 사항은 단위 협동조합의 기관 운영에 준해서 이루어집니다.

연합회는 회원에 대한(1) 지도, 지원, 연락 및 조정, (2) 회원에 속한 조합원 및 직원에 대한 상담, 교육, 훈련 및 정보제공, (3) 회원의 사업에 관한 조사, 연구 및 홍보 등 3가지 사업은 반드시 하여야 합니다.

그러나 금융 및 보험업을 영위하는 것은 금지되며, 관계법령에 인허가 사항이 있으면 사업 개시 전에 반드시 인허가를 얻어야 합니다.
다만, ① 회원수가 10인 이상이고, ② 출자금 납입총액이 1억원 이상인 연합회는 회원들의 상부상조를 위한 공제사업을 할 수 있으며, 이 경우 기획재정부장관의 인가를 받아야 합니다.

연합회의 사업은 원칙적으로 회원인 협동조합만 이용할 수 있으나, 회원의 이용에 지장이 없는 범위에서 비회원 사업을 이용할 수 있습니다.

연합회가 사업을 하다가 손실이 발생하면, (1) 미처분이월금 (2) 임의적립금 (3) 법정적립금 순으로 보전하고, 보전 후에도 부족이 있으면 (4) 다음 회계연도로 이월합니다.

반면 잉여금이 발생하였다면,
① 이월 손실금 보전
② 법정적립금
③ 임의적립금
④ 배당의 순으로 처리합니다.

법정적립금은 손실보전 및 해산의 경우 이외에는 사용할 수 없으며, 자기자본의 3배가 될 때까지 적립하셔야 합니다.
협동조합연합회의 경우는 잉여금의 10% 이상을 적립하고, 사회적협동조합연합회의 경우는 잉여금의 30% 이상을 적립하여야 합니다.

사회적협동조합연합회는 배당이 금지되지만, 협동조합연합회의 경우는 임의 적립 이후에는 잉여금이 남았을 때 회원 협동조합에게 배당을 할 수 있습니다.
배당을 할 때에는, 전체 배당액의 50% 이상을 연합회의 사업 이용 실적에 따라 먼저 배당하여야 하며,

그 이후에 납입출자액에 따른 배당을 할 수 있습니다.

다만, 납입출자액에 대한 배당을 할 때도 납입출자액의 10%를 넘을 수 없습니다.

연합회는 결산결과 등 운영사항을 적극 공개하여야 합니다.

모든 연합회는
① 정관 규약 규정 ② 총회 이사회 의사록 ③ 회계장부 ④ 조합원 명부 등을 주된 사무소에 비치하고, 채권자 또는 회원이 앞의 서류를 열람하거나 복사하는 것을 허용하여야 합니다.

전체 회원 조합에 속한 조합원 총수가 200명 이상이거나 직전 사업연도의 결산보고서에 적힌 자기자본이 30억원 이상인 협동조합연합회 및 모든 사회적협동조합연합회의 의무사항입니다.

공시의무가 있는 연합회는 기획재정부 또는 연합회의 홈페이지에 주요경영공시 자료를 게재하여야 합니다.

기획재정부장관은 사회적협동조합연합회의 업무를 감독하고 감독상 필요한 명령을 할 수 있습니다.

사회적협동조합연합회에 대한 기획재정부장관의 감독 권한에는 업무재산 검사권, 시정조치 명령권, 자료제출 요구권, 설립인가 취소권 등이 있습니다.