협동조합은 기관으로 총회/대의원총회/이사회를 두고 있습니다.
총회는 모든 협동조합이 필수적으로 설치해야 하는 기관이고,
대의원총회는 조합원수가 200인 이상인 협동조합에서 총회를 대신해서 설치 여부를 선택할 수 있는 기관입니다.
이사회는 조합원 수가 10인 이하인 경우 총회의 의결로 두지 않을 수 있습니다.

협동조합의 설립목적에 동의하고 조합원으로서의 의무를 다하고자 하는 자는 모두 조합원이 될 수 있습니다.
협동조합 조합원은 자연인이 아니라 법인도 될 수 있습니다.

조합원의 권리는
① 조합원이 조합의 구성원으로서 조합의 권리 운영에 참여하는 것을 내용으로 하는 권리와
② 조합원이 조합으로부터 개인적으로 경제적 이익을 받는 것을 내용으로 하는 권리가 있습니다.

협동조합은 임원은 이사장(1명), 이사(이사장을 포함한 3명 이상), 감사(1명 이상)를 말합니다. 협동조합기본법상 협동조합은 임원의 자격과 관련하여 특별한 제한을 두지 않기 때문에 비조합원이 임원이 될 수 있습니다.

임원은 해당 협동조합의 직원을 겸직할 수 없으나,
① 조합원의 3분의 2이상이 직원이고 조합원인 직원이 전체 직원이 3분의 2 이상인 협동조합(이른바 '직원협동조합')
② 조합원 수가 10인 이하인 협동조합의 경우에 예외적으로 겸직을 허용하고 있습니다.

협동조합의 경우와 마찬가지로, 사회적협동조합도 금융 및 보험업을 영위할 수 없습니다.

그럼에도 불구하고, 사회적협동조합은 주 사업 이외의 사업으로 정관이 정하는 바에 따라 조합원을 대상으로 납입 출자금 2/3 한도 내에서 소액대출을 할 수 있고, 납입 출자금의 총액 한도 내에서 상호부조를 할 수 있습니다.

조합원은 당연히 사회적협동조합의 사업을 할 수 있습니다.
또한 사회적 협동조합은 ① 소액대출 및 상호부조사업 ② 의료기관을 개설한 사회적협동조합의 보건·의료 사업을 제외하고 정관으로 정하는 바에 따라 비조합원에게 그 사업을 이용하게 할 수 있습니다.
보건·의료 사업을 하는 사회적협동조합은총공급고의 50% 범위에서 비조합원에게 보건·의료 서비스의 제공이 가능합니다.

매 회계연도 결산 결과 손실금이나 잉여금이 발생시 손실금은 ① 미처분이월금 ② 임의적립금 ③ 법정적립금 순으로 보전하고, 보전 후에도 부족이 있으면 ④ 다음 회계연도로 이월합니다

잉여금 발생시에는 ① 이월 손실금 보전 ② 법정적립금 ③ 임의적립금 순서대로 처리합니다. 그러나 협동조합과 달리 사회적협동조합은 잉여금의 30% 이상을 법립적립금으로 적립하여야 하고, 남은 잉여금을 목두 임의적립금으로 적립하게 하여 조합원 배당을 아예 금지하고 있습니다.

협동조합은 결산결과 등 운영 사항을 공개하여야 합니다.

협동조합은 협동조합의 채권자 및 조합원이 열람하거나, 사본을 청구할 수 있도록 정관, 규약, 규정, 총회 및 이사회 의사록, 회계징부, 조합원 명부 등의 서류를 주된 사무소에 비치하여야 합니다. 이 때 소모되는 비용은 실비의 범위안에서 청구인이 부담합니다.

사회적협동조합은 주요 경영공시자료를 결산일로부터 3개월 이내에 기획재정부 또는 사회적협동조합연합회 홈페이지에 게재하여야 합니다.

관계중앙행정기관의 장은 사회적협동조합의 업무를 감독하고 감독상 필요한 명령을 할 수 있습니다.

사회적협동조합에 대한 관계중앙행정기관장의 감독 권한에는 업무재산 검사권, 시정조치 명령권, 자료제출 요구권,
설립인가 취소권 등이 있습니다.